O 5-HIAA é um metabólito da serotonina usado como marcador de tumores carcinóides, tumores neuroendócrinos que originam-se principalmente nos tratos respiratórios e gastrintestinais. As concentrações do 5-HIAA podem estar normais em tumores carcinóides não metastáticos e na síndrome carcinóide, particularmente, em pacientes sem diarréia. Alguns pacientes com síndrome carcinóide excretam ácidos indólicos não hidroxilados que não são medidos pelo teste do 5-HIAA. O 5-HIAA encontra-se aumentado nos pacientes com má absorção e níveis aumentados de metabólitos urinários do triptofano como na doença celíaca, sprue tropical, doença de Whipple, fibrose cística e em pacientes com obstrução crônica do trato intestinal além de alguns pacientes com tumores de ilhota não carcinóides. Seus níveis exibem uma correlação ruim com a gravidade da doença. Níveis aumentados são observados na gravidez, ovulação e estresse.