Os anticorpos antinúcleo são importantes marcadores diagnósticos de algumas doenças reumáticas autoimunes (DRAI), especialmente do lúpus eritematoso sistêmico (LES), da síndrome de Sjögren (SS), da esclerose sistêmica (ES), da dermatomiosite/polimiosite (DM/PM) e da doença mista do tecido conjuntivo (DMTC). Conhecido como fator antinúcleo (FAN), o exame para pesquisa de anticorpos antinúcleo pela técnica de imunofluorescência indireta (IFI) é atualmente denominado Pesquisa de Anticorpos contra Antígenos Celulares (PAAC-IFI), visto que o mesmo permite a detecção de uma gama de anticorpos que reagem com antígenos não apenas do núcleo, mas do nucléolo, do citoplasma e do aparelho mitótico celular. Entretanto, o termo FAN continua a ser largamente empregado na prática clínica por razões históricas. Pela elevada sensibilidade diagnóstica, a IFI utilizando células HEp-2 como substrato, e  é considerada o método padrão ouro para a pesquisa do FAN (FAN HEp-2).
Contudo, uma porcentagem significativa de indivíduos portadores de várias outras doenças autoimunes, para as quais o teste não possui importância diagnóstica, pode apresentar resultados positivos no teste. Resultados positivos também podem ocorrer no contexto de doenças infecciosas, neoplásicas ou mesmo em indivíduos sem evidência clínico-laboratorial de doença autoimune.
O laudo do exame FAN encontra-se em adequação aos critérios do VI Consenso Brasileiro de FAN Hep-2.