O fosfatidilinositol é um fosfolipídio crítico para a sinalização intracelular e ancoragem nas membranas.  Auto-anticorpos específicos para fosfatidilinositol são encontrados em doenças auto-imunes hematológicas e em mulheres inférteis, que  mostram aborto espontâneo ou falha na fertilização in vitro. Os autoanticorpos do tipo IgG  estão relacionados a trombocitopenia, infertilidade e perda fetal. Esses anticorpos também podem ser encontrados na síndrome antifosfolípide. A síndrome antifosfolípide é uma desordem autoimune na qual o corpo produz anticorpos para seus próprios fosfolipídios ou proteínas plasmáticas. A síndrome antifosfolípide está associada a diversas patologias com várias manifestações clínicas. Um estudo mostrou que anticorpos antifosfolípides são detectados em duas categorias de pacientes: em um grupo com várias manifestações clínicas (como tromboses, trombocitopenia e abortos espontâneos) e no outro grupo com poucas manifestações clínicas. O primeiro grupo apresenta níveis elevados de anticorpos IgG e IgA, e o outro grupo, níveis baixos de IgM.
Em outro estudo também foi observado que 22,7% dos pacientes com lúpus eritematoso sistêmico ativo eram soro positivos para o anticorpo antifosfatidilinositol. Além disso, pacientes com siliconose podem demonstrar aumento do título de autoanticorpos anti-fosfatidilinositol.