A contagem de eosinófilos em esfregaços fecais indica uma resposta imune do hospedeiro. A causa pode ser infecção parasitária ou por outros antígenos, tais como pólen ou alimentos.  Eventualmente, os eosinófilos se associam ao achado de cristais de Charcot-Leyden nas fezes, que são formados pela desintegração dos produtos dos eosinófilos e basófilos. A presença de eosinófilos no material fecal também é abundante na disenteria amebiana.  A presença de eosinófilos também  pode ser sugestiva de colite eosinofílica alérgica. A causa mais importante da colite, no primeiro ano de vida, é alergia alimentar, sendo as proteínas do leite de vaca e da soja os alérgenos  principalmente implicados, podendo inclusive ser veiculados pelo leite materno. Assim sendo, além de outras possíveis anormalidades morfológicas, a presença de um infiltrado eosinofílico na mucosa retal, associado a manifestações clínicas pertinentes, sugere fortemente a suspeita diagnóstica de colite alérgica. O desaparecimento dos sinais em concomitância com a retirada da suposta proteína agressora da dieta e a restituição integral da morfologia da mucosa retal preenchem os critérios de forma suficiente para a confirmação diagnóstica de colite alérgica.