A fosfatase alcalina é uma enzima que está presente em quase todos os tecidos do corpo, especialmente no epitélio intestinal, túbulos renais, osteoblastos, fígado e placenta. Das diferentes fosfatases alcalinas, algumas são de formas múltiplas (modificações pós-tradução) e os outras são isoenzimas (codificadas por genes distintos). Entre as primeiras se incluem as de origem hepática, óssea e renal enquanto as demais são as isoenzimas placentária e intestinal.
O procedimento de separação das diferentes formas por eletroforese permite distinguir nos casos de um aumento na concentração catalítica plasmática de fosfatase alcalina e a origem do tecido causando este aumento. Em pacientes grávidas ou com certas neoplasias malignas (câncer de ovário) é possível encontrar a isoenzima placentária 1 (entre osso e bile) e placentária 2 (entre intestinal 1 e intestinal 2).