Cerca de 40% de todos os casos de síndrome de Lynch com uma mutação genética identificada estão associados a mutações herdadas no gene MSH2 . A síndrome de Lynch aumenta o risco de muitos tipos de câncer, particularmente câncer de cólon (intestino grosso) e reto, que são coletivamente chamados de câncer colorretal. Pessoas com síndrome de Lynch também têm um risco aumentado de câncer de endométrio (revestimento do útero), ovários, estômago, intestino delgado, fígado, ducto da vesícula biliar, trato urinário superior e cérebro.
As mutações no gene MSH2 envolvidas na síndrome de Lynch podem causar a produção de uma proteína MSH2 anormalmente curta ou inativa que não pode desempenhar sua função normal. Quando a proteína MSH2 está ausente ou não funciona, o número de erros de DNA que são deixados sem reparo durante a divisão celular aumenta substancialmente. Os erros se acumulam à medida que as células continuam a se dividir, o que pode causar o funcionamento anormal das células, aumentando o risco de formação de tumores no cólon ou em outra parte do corpo.