O sistema HLA é a nomenclatura dada a um grupo de genes localizados na região conhecida como complexo principal de histocompatibilidade, no cromossomo 6. Os genes de classe I na região do MHC, consideradas principais agentes da resposta imune, são apenas três, HLA-A, B e C e são os chamados clássicos. Estes genes codificam glicoproteínas, consideradas as moléculas clássicas de histocompatibilidade de classe I que são expressas na superfície de todas as células nucleadas e responsáveis por apresentar os peptídeos endógenos ou virais às células T CD8 positivas. Há outros genes da classe I conhecidos, mas estes não estão envolvidos nas rejeições dos transplantes. Na região de classe II, são reconhecidos diversos genes, sendo que os loci HLA-DR, DQ e DP codificam glicoproteínas expressas na superfície de células do sistema imune, neste caso as células apresentadoras de antígenos (APCs), linfócito B, macrófago e células dendríticas. São as moléculas clássicas de histocompatibilidade de classe II que estão envolvidas na rejeição contra enxertos e na apresentação de peptídeos exógenos aos receptores dos linfócitos T CD4 positivas. Além desses, também são conhecidos vários outros genes de classe II que não codificam as moléculas apresentadoras de antígenos.
Os genes de classe III não codificam moléculas apresentadoras de antígenos, dessa forma, ao contrário das moléculas clássicas de classe I e II, não controlam diretamente o processo de rejeição de transplantes.
Os exames de baixa resolução identificam a presença de um grupo de alelos (definição das especificidades). A análise de alta resolução é muito mais específica e fornece a identificação individual de cada alelo (definição dos alelos). Este exame permite a tipificação HLA com a identificação dos alelos dos locus HLA-DRB1, HLA-DRB3, HLA-DRB5, HLA-DQB1 e HLA-DPB1 com a identificação dos alelos dos locus  em alta resolução resolução de pacientes e doadores para realização de transplante.