Cerca de 40% do consumo diário de magnésio é absorvido e excretado pela urina. O equilíbrio é mantido pela ação reguladora da reabsorção tubular. A dosagem de magnésio na urina é importante na avaliação dos valores séricos. Os níveis na urina diminuem antes do que os valores séricos. Ocorrem em síndromes disabsortivas, dietas pobres em magnésio e alterações da função tubular renal. Valores aumentados ocorrem em casos de uso de diuréticos.