Marcador de células gliais e de Schwann, melanócitos, adipócitos, condrócitos, células de Langerhans e células reticulares interdigitantes.
Vários membros da família das proteínas S100 são úteis como marcadores para certos tumores e diferenciação epidérmica. Ela pode ser encontrada em melanomas, neurofibromas, nos tumores malignos da bainha dos nervos periféricos, nas células paraganglioma estromais, no histiocitoma e nos sarcomas celulares.
Os níveis aumentados de S100 no soro indicam uma ruptura da barreira hematoencefálica, podendo preceder o aparecimento de lesões neuronais.