A Apolipoproteína E é uma glicoproteína presente no plasma humano, sintetizada principalmente no fígado e no cérebro.
É a principal componente do VLDL e do HDL. Está envolvida na redistribuição de triglicerídeos e colesterol em diferentes tecidos e desempenha um papel fundamental para o catabolismo de componentes ricos em triglicérides no corpo humano.
Deficiências dessa proteína podem levar a doenças relacionadas com o aumento no nível de colesterol e triglicérides na circulação, devido ao não-reconhecimento dessas moléculas pelos receptores de membrana e pelas moléculas de VLDL, responsáveis por sua captação no fígado. Por isso, a apoE é muito estudada em doenças cardiovasculares, apresentando uma relação direta com estenoses e infartos.
A apoE  também tem um papel específico na formação de placas amilóides e emaranhados neurofibrilares. Sendo assim, também pode estar relacionada à Doença de Alzheimer.