A causa da instabilidade de microssatélites pode ser um defeito na capacidade de reparar erros. Atualmente, no caso da carcinogênese colorretal são estabelecidas duas vias: a supressora e a mutadora. A maior parte dos tumores esporádicos, assim como a síndrome associada à polipose múltipla familiar pertencem à via supressora. A via mutadora, a seu turno, caracteriza-se por uma instabilidade genômica distintiva: a instabilidade de microssatélites (MSI), entendendo-se por microssatélites pequenas sequências de DNA não codificantes repetidas. A acumulação de mutações nestes microssatélites é o que se conhece como o fenótipo mutador. Pertencem a esta via mutadora 15 a 20 % dos tumores esporádicos, assim como a síndrome hereditária não associada à polipose familiar. Estes tumores, diferentemente daqueles da via supressora, são em sua maioria diploides ou pseudo-diploides. Identificação de portadores da síndrome de Lynch (HNPCC) que predispõe ao desenvolvimento de adenocarcinoma de cólon, ovário, endométrio, estômago e câncer urotelial de pelve renal. Este exame analisa os marcadores BAT25, BAT26, BAT40, D5S346, D2S123 e D17S250.
