A eletroforese de proteínas no líquor é utilizada primariamente para detecção de bandas oligloconais na avaliação de esclerose múltipla e tem grande importância no diagnóstico e no seguimento de processos inflamatórios do sistema nervoso central. Pode indicar alterações da integridade da barreira hemato-encefálica, o funcionamento celular do sistema nervoso central e existência ou ausência da síntese intratecal de proteínas. Em algumas doenças o líquor apresenta aumento da gama-globulina (particularmente IgG) enquanto os níveis plasmáticos são normais. Nestes casos há evidência de que foram sintetizados no líquor, como na esclerose múltipla, panencefalite esclerosante subaguda (doença pós-sarampo), neurossífilis, encefalopatias virais, entre outras doenças degenerativas.