O cofator II da heparina é um inibidor da trombina. O Cofactor II da heparina (HCII) é uma glicoproteína do plasma humano que inativa rapidamente a trombina na presença de sulfato de dermatano.  Níveis reduzidos de HCII foram detectados em diferentes condições clínicas, como insuficiência hepática, coagulação intravascular disseminada, talassemia, anemia falciforme. Aumento dos níveis fisiológicos foram encontrados em mulheres grávidas e contracepção oral. A inibição da trombina do HCII possivelmente ocorre em locais extravasculares onde o sulfato de dermatano está presente. A atividade do HCII seria importante na regulação da cicatrização de feridas, inflamação ou desenvolvimento neuronal. Observou-se que a deficiência de CHII está associada a fenômenos trombóticos recorrentes, sendo provável que o HCII iniba a trombina no espaço extra vascular e esteja relacionado à regulação de processos inflamatórios e reparo tecidual.