Mutações neste gene estão associados ao câncer colorretal hereditário não polipóide (HNPCC), também conhecido como Síndrome de Lynch, representa cerca de 10% dos casos de câncer do intestino grosso. É uma síndrome de predisposição genética associada a risco aumentado de câncer intestinal e outros tumores, razão pela qual a preferência atual é pela denominação de Síndrome de Lynch, apesar do nome HNPCC continuar em uso.
Se um indivíduo é portador da mutação, a chance de transmissão para cada filho é de 50%. A penetrância do gene é da ordem de 80%, ou seja, se um indivíduo herdar a mutação de um de seus pais, a chance de desenvolver câncer intestinal é de 80%. Como vimos, há também risco aumentado de desenvolvimento de outros tumores. O tipo de tumor associado guarda relação com o gene do sistema de reparo que está mutado. Os dois principais genes envolvidos são o h-MLH1 e o h-MSH2, (60% a 70% das mutações).